动物粪便与肠道取样方法

  • 2017-09-26 13:04:41
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1。动物粪便与肠道取样方法


1。大型动物粪便,如猪、牛、羊等。

(1) 取样方法

1) 尽量避免尿液污染,及时将粪便收集在洁净干燥容器内;
2) 用采样管中无菌勺挖取粪便中段没有接触空气和地面的部分,挖取一满勺(3-5g);
3) 将挖取的粪便连同小勺一同放入采样管中,盖紧盖子(如下图所示);
4) 样品液氮速冻,置于-80℃冰箱保藏。若不能自行提取,可置于干冰寄送至公司。



(2) 注意事项

1)建议戴一次性手套、口罩,进行严格取样和规范操作,尽可能减少人为的污染;
2)尽量多人分工协作,选择相同时段采集样本,防止前后时间相差较久,造成菌群的变化;
3)由于抗生素使用可能引起菌群改变,若使用抗生素,务必准确记录使用种类、剂量和时间。


(3) 参考文献


[1] Xiao L, Estellé J, Kiilerich P, et al. A reference gene catalogue of the pig gut microbiome.[J]. Nature Microbiology, 2016, 1.

[2] Ramayo-Caldas Y, Mach N, Lepage P, et al. Phylogenetic network analysis applied to pig gut microbiota identifies an ecosystem structure linked with growth traits[J]. The ISME journal, 2016。


2. 型动物粪便,如小鼠等。

1 取样方法


1) 将待取样的小鼠放进干净的铺有无菌滤纸的笼子里,小鼠排便后立即收集粪便样本。不同的小鼠取样要更换新的滤纸;
2) 每只小鼠收集 3~5 粒(约0.2g)到灭菌离心管中, 液氮速冻,-80℃保存,干冰寄送;
3) 若单只小鼠粪便样本不满足0.2g,也可根据课题需要,将多个小鼠粪便样本混合为一个样本。

2 注意事项

1) 建议戴一次性手套、口罩,进行严格取样和规范操作,尽可能减少人为的污染;
2) 尽量多人分工协作,选择相同时段采集样本,防止前后时间相差较久,造成菌群的变化;


3参考文献


[1] Sonnenburg E D, Smits S A, Tikhonov M, et al. Diet-induced extinctions in the gut microbiota compound over generations[J]. Nature, 2016, 529(7585): 212-215.
[2] Ridaura V K, Faith J J, Rey F E, et al。 Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metabolism in mice[J]. Science, 2013, 341(6150): 1241214.


3。 动物肠道内容物,如猪、牛、羊、小鼠等

(1) 取样方法


1) 在对动物进行安乐死后,用75%酒精擦拭体表,用无菌解剖剪剪开腹部,取出胃肠道器官,用吸水纸擦干表面血污,用0.9%的无菌生理盐水冲洗肠道外壁数遍;
2) 在无菌状态下取出整个肠道,用无菌解剖剪截取所需肠段(如回肠、结肠、盲肠等)的内容物;
3) ①若内容物较多,可用无菌解刨刀挖取内容物置于无菌离心管中;
若内容物较少,将肠道从两端剪开,用无菌水(DNA提取)或用无菌DEPC水(RNA提取)冲洗,冲洗出的内容物分装于无菌离心管(2 ml)中,每个样本冲洗体积越小越好;
4) 所有样本应及时放在冰盒中(建议使用干冰)运至实验室,立即进行DNA抽提;若不能立即抽提,建议将样本先置于液氮中冷冻3-4小时,再转移到-80℃保存;


(2) 参考文献
[1] Looft T, Allen H K, Cantarel B L, et al. Bacteria, phages and pigs: the effects of in-feed antibiotics on the microbiome at different gut locations[J]. ISME J, 2014, 8(8): 1566-1576.
[2] Wang J, Linnenbrink M, Künzel S, et al. Dietary history contributes to enterotype-like clustering and functional metagenomic content in the intestinal microbiome of wild mice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014, 111(26): E2703-E2710.

 

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